Von der Kulturpolitik der Nationalsozialisten blieb auch das Werk Wilhelm Morgners nicht unberührt. Im Zuge der Aktion „Entartete Kunst“ 1937 wurden insgesamt 77 seiner Arbeiten aus öffentlichen Museen beschlagnahmt, darunter 42 Gemälde, sechs Aquarelle, sieben Zeichnungen, 21 Druckgrafiken und ein Buch.

Der „Blaue Mann in gelber Landschaft“ befand sich seit 1927 in der Städtischen Gemäldegalerie Bochum, als Geschenk der Mutter des Künstlers, Maria Morgner. Dort wurde es bei der „Säuberungsaktion“ im September 1937 zusammen mit 16 weiteren Werken von unter anderem Peter August Böckstiegel (1889–1951), Carl Hofer (1878–1955) und Eberhard Viegener (1890–1967) aus der Sammlung entfernt. Die von den Nationalsozialisten konfiszierten Kunstwerke wurden teils vernichtet, teils auf die Wanderausstellung „Entartete Kunst“ durch Deutschland geschickt, und der dritte, „verwertbare“ Teil sollte über vier Kunsthändler ins Ausland verkauft werden. „Blauer Mann in gelber Landschaft“ gehörte zunächst zur Kommissionsware von Karl Buchholz (1901–1992), danach zu der von Bernhard A. Böhmer (1892–1945), wurde jedoch nicht verkauft. Währenddessen bemühten sich die Soester Stadtverwaltung und Morgners Mutter zunächst vergeblich um die Rückgabe der beschlagnahmten Werke. Das Propagandaministerium lehnte dies ab. Um die Jahreswende 1944/45 erhielt die Mutter des Künstlers die meisten Bilder dann doch zurück – ohne schriftliche Vorankündigung. Unter diesen Werken befand sich wohl auch das Gemälde „Blauer Mann in gelber Landschaft“.